…nicht aufregen 
hast du nach der neuinstallation die mediabay mal komplett durchlaufen bzw. das dateisystem durchsuchen lassen?
mw
p.s.
du schreibst im recording.de forum, du hast dein betriebssystem auf eiener externen festplatte installiert 
vielleicht solltest du mal probieren, dass betriebssystem und cubase zusammen auf die interne festplatte zu installieren, könnte stabiler laufen…