Das Problem kann verschiedene Ursachen haben, daher erst einmal etwas Grundsätzliches zum Ausprobieren:
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Eine kurze MIDI-Spur einspielen. Die entstandene Spur mit dem Key-Editor öffnen. Wurde ein gespieltes C als C registriert, ist das Keyboard richtig eingestellt. Wurde ein C als Cis registriert, ist entweder das Keyboard oder der MIDI-Input transponierend eingestellt.
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Ein anderes VST Instrument auswählen. Bei einigen VST-Instrumenten klingen die Noten “falsch” (ca. einen Halbton zu hoch), wenn die im Projekt eingestellte Sampling-Frequenz 48 kHz beträgt. (Technisch gesehen: Das VST-Instrument ist auf 44.1 kHz “geeicht” und liefert bei anderen Sampling-Frequenzen ein falsches Resultat.)
Vielleicht hilft das schon weiter.