Leider kann ich aus deinem Posting nicht entnehmen, ob du Mac- oder PC-User bist.
Sofern du keinen Mac benutzt, solltest du mal einen Festplattenbenchmark nutzen
HD Tune http://www.hdtune.com/
oder HDTach HD Tach - Download - CHIP
und prüfen, ob deine Platte auch genug Durchsatz liefert. Vielleicht ist im Bios deine Platte noch auf IDE statt auf AHCI eingestellt. Aber Vorsicht!!! Es kann sein, dass dein Betriebsystem, wenn es nicht Windows 7 ist, empfindlich auf das Umstellen reagiert.
Vielleicht läuft im Hintergrund noch ein Virenscanner, der genau in diesem Moment anfing, deine Platte zu scannen?
Versuch mal Hintergrundprogramme vor dem Echtzeit-Export auf ein Minimum zu reduzieren.
PS: Trag mal deine PC/Mac-Konfiguration, das Betriebsystem mit Version und deine Cubase Version in deine Signatur ein.