Hi BassBase,
leider führte Dein Weg in meinem Fall zu keiner Lösung. Die Knobs reagieren nach wie vor nicht (oder fast nicht) auf die Maus. Das Problem ist ja auch, dass keiner so recht weiß, wo genau der Grund für den Fehler liegt. Die Probleme setzten haargenau ein, nachdem ich Automap 4.5 installiert hatte und zwar unter Cubase 6.07. Sie verschwinden aber nicht, wenn man Automap wieder deinstalliert. Das nehme ich allerdings nicht als ausreichenden Hinweis dafür, dass es doch nichts damit zu tun hat, denn verpfuschte Einstellungen (wo auch immer) müssen ja dadurch nicht notwenigerweise zurückgenommen werden.
Ich hab zur Zeit keine Idee mehr, wie ich es lösen kann, bin aber dringend drauf angewiesen, weil ich Cubase nicht ausschließlich mit dem Hardware-Controller steuern kann, z.B. wenn ich unterwegs bin. Ich frage mich, ob noch jemand außer Dir die Sache in den Griff bekommen hat (möglicherweise auf einem anderen Weg?). Supportanfragen an Novation und Steinberg brachten bisher auch nix zu Tage. Mal schauen, wie es weitergeht. 
Beste Grüße