Ich hatte ein ähnliches Problem schon mal, als ich von einem Plug-In eine Public Beta Version geladen habe. Als ich dann die fertige Version installiert hatte, kam es zu demselben Ergebnis wie bei Dir. Cubase behandelte das wie ein anderes Plug-In.
Das gleiche gilt für Plug-Ins, bei denen sowohl eine VST 2.4 als auch eine VST 3-Version installiert sind. In diesem Fall zur Not beide installieren. Oder Einstellungen aufschreiben oder wie auch immer sichern (kann sein dass sogar die Presets nicht kompatibel sind) und das neuere neu laden und damit weitermachen.