Hey,
Ich würde zuerst mal alles auf Null stellen. Keine Ausgleichpannings, kein irgendwas, Einstellungen der Soundkarte und des Signalwegs überprüfen. Auch die Kabel! Mal austauschen. Dann prüfen, ob sich Mono Inserts auf dem Stereoweg befinden. Ist ein Mischpult dazwischen geschaltet? Nach und nach würde ich so alle Möglichkeiten ausschließen. Irgendwann stößt du auf das Problem.
Oft sind es solche Kleinigkeiten. Ist der Eingang der Soundkarte Mono oder Stereo? Eventuell da schon gepant? Dann nach dem Einstellungsreset eine Testaufnahme machen. Ist das Problem immer noch da? Dann wirklich mal alles auf Mono. Auch im soundkarten Eingang. Macht bei Monosignalen eh Sinn. 
Viel Glück… )