Ohne dass ich das Audiogram 6 jetzt kenne: Nach dem, was bei Thomann darüber steht (auch in den Kommentaren), sollte es gehen. Da das Teil nur 2 (Mono-)Spuren gleichzeitig aufnehmen kann, musst Du bei der Aufnahme in Cubase aufpassen, dass Du auch nur 2 Mono-Spuren benutzt, und jeweils die Kanäle 1 und 2 des Audiogram getrennt jeweils auf einen dieser Eingänge routest. Ich bin mir sicher, dass dort irgendwo der Fehler bei Deinen bisherigen Aufnahmen liegt.
Edit: Du kannst natürlich auch Stereo-Spuren verwenden (um z. B. die Mono-Signale mit Stereo-Efx zu bearbeiten, wie z. B. Chorus auf Gitarre o.ä.), aber wichtig dabei ist, dass Du - wie The*Smiler unten beschreibt - in den beiden gleichzeitig aufzunehmenden Spuren nur einen einzelnen Mono-Kanal bzw. L oder R des Stereo-Eingangs verwendest.