Habe ab und zu das selbe problem, lösung ist ziemlich einfach.
Öffne ein neues projekt, lade dein projekt was nicht geht, achte darauf das du es nicht aktivierst!
jetzt öffnet sich das alte / beschädigte projekt…
Lösche die spur raus die nicht geht und speicher es als neue version.
Cubase schliessen neue version Laden…
FERTIG! =)
Musst halt die Fehlende spur neu machen oder du kopierst die vom alten ins neue 
Hat bei mir immer geholfen…