Ja, das ist in der Tat unangenehm. Bei mehreren Dateien fängt es schon an, unübersichtlich zu werden. Hier hilft dann das “Aufräumen” durch ein Backup, was eher umständlich ist.
Grundsätzlich wäre ich dafür, echte Ordner im Pool anlegen zu lassen, z.B. für den Papierkorb oder wenn man beim Export einen “Ordnernamen” angibt.
Weiter würde ich für gut befinden, wenn man, und hier komme ich wieder auf den Eingangspost zurück, den Media-Ordner scannen lassen könnte und die nicht im Pool aufgelisteten Dateien in einen (echten) Ordner “Lost&Found” kopiert/aufnimmt.