Ich habe den von Dir beschriebenen Ablauf spaßeshalber mal mit meinem UAD Interface nachvollzogen und da verhält es sich genau so. Wenn ich nicht die Audioverbindungen als Presets gespeichert hätte, wäre die erneute Einrichtung schon lästig.
Das Verhalten liegt also nicht am Treiber vom Interface, sondern daran, wann und wie Cubase beim Start seine Verbindung zum Interface initialisiert. Möglicherweise könnte man es in der Programmierung so anpassen, dass die Initialisierung komplett neu durchlaufen wird, wenn das Interface eingeschaltet wird.
Bei MIDI Verbindungen klappt das z.B. Wenn ich mein Nord Stage nicht eingeschaltet habe, kommt von Cubase auch ein Dialog, dass es nicht erkannt wurde. Wenn ich in diesem Zustand das Keyboard einschalte, wird es erkannt und der Dialog wird automatisch geschlossen.
Ich habe aber Verständnis dafür, wenn die Entwickler jetzt keinen großen Aufwand reinstecken, um das spätere Einschalten des Interfaces zu verarbeiten. M.E. kann man damit leben.