So, auf meinem kleinen Testsystem (ein Mini, Mid 2010) rennt El Capitan sehr smooth und ohne jegliche Inkompatibilitäten. Cubase läuft inkl. all meiner Plugins (auch Kontakt funktioniert tadellos) ohne erkennbaren Unterschied zu Yosemite. Sogar das UR44 Interface läuft bislang rund - und auch dessen Tools. Einziger zu verschmerzender Fehler: Die Systemeinstellung Yamaha Steinberg USB wird zwar geladen, wird aber nicht geöffnet. Das ist aber realtiv wurscht, weil es eh keine Einstellungen hat und nur die Versionsnummer anzeigt. Also, liebe Steinis, das werdet Ihr doch wohl noch hinbekommen, oder? 
Die Aussage "…nicht für die Verwendung von Apps optimiert, die Audio/Video in Echtzeit behandeln. " kann ich daher nicht ganz nachvollziehen. Besonders nicht, wenn solche Programme offensichtlich sogar auf meinem betagten und nicht besonders flottem Mini uneingeschränkt gut funktionieren!
Sogar die wirklich uralten (ca. 6 Jahre) Treiber und Systemeinstellungen meines m-audio-Interfaces funktionieren noch!
Logic und AU-Plugins nutze ich nicht. Da soll es angeblich noch Probleme mit Plugins von Drittanbietern geben. Aber da kann nur Apple selbst mit nem Update nachlegen. Und da sie dort relativ aktiv sind zur Zeit, wird das nicht lange auf sich warten lassen.
PS: Ich habe El Capitan einfach über Yosemite rübergebügelt. Habe noch nie Clean-Installs gemacht und damit auch noch niemals ein Problemchen gehabt.
Hast Du mal kontrolliert, ob Dein eLicenser Control Center auf dem neuesten Stand ist? Vermute das Problem eher hier.