Mein Vorschlag: drauf pfeifen und im Plugin-Manager eine Struktur nach Belieben bauen.
Ich hab auch gern ein wenig Ordnung, aber zumal manche Hersteller z.B. alle möglichen Pluginformate zwangsweise mitinstallieren (64/32 bit, VST, AAX, RTAS etc.) und VST3-Plugins sowieso am besten in den default-Ordner installiert werden mögen, hab ich’s einfach aufgegeben.
Der Plugin-Manager ist echt nice zum Sortieren - und die Sortierung in Unterordner brauch ich selber eh kaum, weil ich lieber ein paar Buchstaben in die Suche tippe, die mich wesentlich schneller zum Plugin führen als das Verzeichnisbäumeaufklappen sein könnte.