Wenn du externe Fernbedienungen einbindest, darfst du die dafür verwendeten MidiPorts nicht unter “all midi” aktivieren.
Mal in der Spur statt “all midiinputs” den richtigen Port als Eingang eingestellt?
Schmeiss mal die Fernbedienung raus und deaktiviere alle SyncMechanismen (Songposition, Clock usw.).
Mach mal eine Aufnahme ohne Midi mit dem virtuellen Keyboard.
Sonngpositonpointer, MMC senden Sysex. Den Sysexstring mal googln 
Ich bin mir sicher, dass du einen Fehler im MidiRouting hast (Midiloop, falsche Midiports als Eingang aktiv, softwareseitiges MidiThru auf MidiOut o.ä.)